Laboratorium wykonuje badania mikrobiologiczne szerokiej gamy produktów spożywczych mięsa i przetworów mięsnych, mleka i jego przetworów, ryb, owoców i warzyw, soków i napojów.
W zakresie badań fizykochemicznych i organoleptycznych współpracuje z wyspecjalizowanymi laboratoriami w Polsce i zagranicą.

W Pracowni Mikrobiologicznej badania prowadzone są znormalizowanymi metodami badawczymi w następujacych kierunkach:

- Salmonella spp, S. Enteritidis, S. Typhimurium;

- Listeria monocytogenes;

- Enterobacteriaceae;

- Ogólna liczba drobnoustrojów;

- Escherichia coli;

- Bakterie z grupy coli;

- Gronkowce koagulazododatnie (S. aureus i innych gatunków);

- Drożdże i pleśnie;

- Bakterie beztlenowe przetrwalnikujące redukujące siarczyny;

- Campylobacter spp.;

- Bacillus cereus;

- Bakterie mlekowe;

- Clostridium perfringens, Pseudomonas sp.

Laboratorium stosuje również metodę instrumentalną z wykorzystaniem aparatu TEMPO.

Pełny zakres metod akredytowanych na stronie Polskiego Centrum Akredytacji: www.pca.gov.pl